Existen extensos rodales de alcornoques en la región de la costa atlántica, mientras que en las laderas del Atlas se encuentran bosques de encino, cedro y pino de hoja perenne. En la región de la estepa, abundan los arbustos y los árboles de azufaifa. El olivo está ampliamente distribuido, pero el árbol de argán que produce aceite, exclusivo de Marruecos, crece solo en el valle de Sous.

El desierto está desprovisto de vegetación, salvo los oasis ocasionales. Aunque el león ha desaparecido, las panteras, chacales, zorros y gacelas son numerosas. Las aguas circundantes abundan en sardinas, anchoas y atún. A principios del siglo XXI se contabilizaron al menos 105 especies de mamíferos, 206 especies de aves y más de 3600 especies de plantas en todo el país.