La amplia gama de climas explica los marcados contrastes en la flora y fauna entre las diferentes regiones del país. En el sur, el sisu (Dalbergia sissoo) y otros árboles subtropicales son abundantes en los bosques. En el extremo norte, los enebros se ven incluso a la altura de las morrenas glaciares. También existen muchos tipos de coníferas en la zona alpina, junto con el tejo, varios acebos, abedules, rododendros enanos y otras especies de flora alpina.

En el valle de Langtang domina el pino chir, el sauce, el aliso y el roble de hoja perenne. El pino azul y el abeto plateado son frecuentes en la zona subalpina. Las orquídeas de tierra, los lirios, las amapolas amarillas y azules y las anémonas carmesí prevalecen en el centro de Nepal. La profusión de flores silvestres se extiende a altitudes muy altas.

El tigre, la hiena y el chacal todavía existen en el sur de Nepal, aunque en números decrecientes. Los macacos Rhesus y una variedad de otros pequeños mamíferos y roedores de la selva son comunes. En altitudes medias se encuentra el oso negro, varias especies de gatos, ardillas, liebres, venados y antílopes. Más arriba en las montañas, son numerosas las ovejas y cabras salvajes, las marmotas y una especie de liebre sin cola. Los yaks salvajes todavía se pueden encontrar en las montañas de Nepal. Los yaks salvajes, una especie en peligro de extinción que tiene la distinción de ser el mamífero que vive en las altitudes más altas, pueden hacer sus hogares en altitudes de hasta 6000 metros, aunque tienen problemas en altitudes por debajo de los 3000 metros.

Las aves de Nepal incluyen el pinzón cantor verde, la paloma, el pájaro carpintero, el trepador azul, la curruca, el cazamoscas y el bulbul. A unos 2700 metros se encuentran la perdiz, el faisán, el mirlo y el minivet.

A principios del siglo XXI se contabilizaron al menos 181 especies de mamíferos, 274 especies de aves y más de 6900 especies de plantas en todo el país.