La vegetación es divisible en dos secciones principales directamente relacionadas con las principales regiones climáticas del país, el bosque alto, que incluye bosques de pantanos y bosques húmedos, y la sabana. A lo largo de la zona costera, predomina el árbol de manglar, mientras que inmediatamente tierra adentro se encuentra el bosque de pantanos de agua dulce, que está algo más diversificado e incluye variedades de palmeras, abura y caoba. Al norte del bosque pantanoso se encuentra el bosque pluvial, que forma un cinturón con un ancho promedio de unos 130 km. Aquí, los árboles alcanzan hasta 60 metros de altura. Los árboles principales incluyen la caoba africana, el iroko, el nogal africano y la madera de exportación más popular, el obeche. Más hacia el interior, la selva tropical se ve desplazada por la hierba alta y los árboles de hoja caduca de baja estatura, característicos de la sabana.

Pocos animales grandes se encuentran en la selva tropical. Hay gorilas y chimpancés en número decreciente, así como babuinos y monos. Abundan los reptiles, incluyendo cocodrilos, lagartos y serpientes de muchas especies. Aunque se pueden encontrar muchos tipos de mamíferos en el interior de la selva tropical, estos no son tan abundantes como en el este o el sur de África. Nigeria posee dos docenas de especies de antílopes, pero rara vez se observan grandes concentraciones de animales, incluso el antílope común. El hipopótamo, el elefante, la jirafa, el leopardo y el león ahora permanecen solo en localidades dispersas y en número decreciente. Los gatos monteses, sin embargo, son más comunes y ampliamente distribuidos. La vida silvestre en la sabana incluye antílopes, leones, leopardos, gacelas y hienas del desierto. Nigeria también abunda en aves con una gran cantidad de especies representadas.

A principios del siglo XXI había al menos 274 especies de mamíferos, 286 especies de aves y más de 4700 especies de plantas en todo el país.