Al igual que en otras regiones separadas del resto del mundo durante un largo período, Nueva Zelanda ha desarrollado una flora distinta. Alrededor del 75% de la flora nativa es única e incluye algunas de las formas de plantas más antiguas del mundo. Sin embargo, las plantas con flores, las coníferas, los helechos, los licópodos y otros traqueofitos vasculares que constituyen gran parte de la vegetación terrestre muestran afinidades con las plantas de la región malaya, apoyando la teoría de un antiguo puente terrestre entre las dos regiones. Más de 250 especies son comunes a Australia y Nueva Zelanda. El elemento antártico, que comprende más de 70 especies relacionadas con formas en la flora de América del Sur y las islas del Océano Austral, es de gran interés para los botánicos. El pino kauri, que ahora se encuentra solo en partes de la Isla del Norte, durante más de un siglo ha sido mundialmente famoso por su madera. El rimu y la totara también son árboles de madera. Otros árboles hermosos incluyen el pohutukawa y otras especies de kowhai. El lino de Nueva Zelanda, anteriormente de gran importancia en la economía maorí, se encuentra en lugares pantanosos. La maleza en los bosques húmedos consiste en gran parte de helechos.
Además de las focas y dos especies de murciélagos, Nueva Zelanda no tiene mamíferos terrestres indígenas. Algunos de los mamíferos terrestres introducidos en Nueva Zelanda se han convertido en plagas, como el conejo, el venado, el cerdo (ahora salvaje) y la zarigüeya australiana. Los mamíferos marinos incluyen ballenas y delfines.
Existe una gran diversidad de aves, unas 250 especies en total, incluidas las especies reproductoras y migratorias. Entre los pájaros que no vuelan, el más interesante es el kiwi, el símbolo nacional de Nueva Zelanda y el único pájaro conocido con fosas nasales en la punta del pico en lugar de en la base. Otras aves características son el kea, un loro de montaña, y el tui, un hermoso pájaro cantor. Todos menos uno de los géneros de pingüinos están representados en Nueva Zelanda. Varias especies de aves migran de los campos de reproducción en el Círculo Polar Ártico para pasar la primavera y el verano en Nueva Zelanda.