Durante el siglo XIX, los bosques cubrían aproximadamente las tres cuartas partes de Puerto Rico. A partir del siglo XXI, sin embargo, solo una cuarta parte de la isla está cubierta de bosques. Los árboles con flores todavía abundan. Los pueblos precolombinos cultivaban yuca, ñame, maní, pimiento, tabaco y algodón. La piña, la guayaba, el tamarindo y los anacardos son indígenas, y las frutas como el mamey, la guanábana y la quenepa son nuevas para la mayoría de los visitantes. Los españoles introdujeron los cocos, el café, la caña de azúcar, los plátanos, los mangos y la mayoría de los cítricos.

El único mamífero encontrado en la isla por los conquistadores era una especie de perro sin pelo, ahora extinto. Prácticamente todos los mamíferos actuales se han introducido, incluidos los caballos, el ganado, los gatos y los perros. Los mosquitos y las moscas de la arena son plagas comunes, pero el único insecto peligroso es el ciempiés gigante, cuya picadura es dolorosa pero rara vez fatal. Quizás el habitante más conocido de la isla es el coquí dorado, una pequeña rana arborícola. La vida marina es extraordinariamente abundante, incluyendo muchos peces tropicales, cangrejos y corales. Puerto Rico tiene unas 200 especies de aves, muchas de las cuales viven en la selva tropical. Los zorzales, los orioles, los picogordos y los colibríes son comunes, y la reinita (platanero) y el pitirre son distintivos de la isla. Hay tres refugios nacionales de vida silvestre, que cubren un total de 981 hectáreas.