La acacia thorntrees, aloes, baobab y euforbiáceas son plantas nativas de las regiones semiáridas. Los árboles que proporcionan incienso y mirra también son nativos de la región. Los bosques del sur incluyen el eucalipto y la caoba. Manglares, kapok y papaya crecen a lo largo de los ríos.

Junto con su gran rebaño de ganado, Somalia tiene una de las poblaciones de fauna más abundantes y variadas de África. La vida animal incluye el elefante, león, gato montés, jirafa, cebra, hiena, hipopótamo, gacela, lagarto, cocodrilo, tortuga, puercoespín, babuino y jabalí. Hay una gran variedad de serpientes, la más conocida es la víbora, la cobra escupidora y la krait. Los animales domésticos son los camellos, ovejas, cabras y ganado. Las aves más comunes son el avestruz, el pato, la gallina de Guinea, la avutarda, la perdiz, el urogallo y la garza. A principios del siglo XXI se contabilizaron al menos 171 especies de mamíferos, 179 especies de aves y más de 3000 especies de plantas en todo el país.