Uruguay es principalmente una tierra de pastos, con vegetación que es esencialmente una continuación de la región pampeana. Las áreas forestales son relativamente pequeñas. Las maderas duras más útiles son el algarrobo, el guayabo, el quebracho y el urunday. La acacia, el aliso, el aloe, el eucalipto (importado de Australia), el ombú, el álamo y el sauce son comunes. Las palmas son autóctonas de los valles. El romero, el mirto, el ceibo escarlata y la mimosa son comunes. La mayoría de los valles están cubiertos de arbustos aromáticos, mientras que las colinas están cubiertas de verbena blanca y escarlata.

Los animales grandes prácticamente han desaparecido de las regiones orientales. El carpincho, el zorro, el venado, la nutria y el pequeño armadillo recorren las estribaciones del norte. En la pampa están el hornero, la codorniz, la perdiz y el cuervo. El avestruz, el cisne y el pato real se encuentran en las lagunas. Los peces incluyen el pámpano, el salmón y la corvina. Los reptiles principales son víboras y tortugas. Las focas se encuentran en isla Lobos, cerca de Punta del Este.

A principios del siglo XXI había al menos 81 especies de mamíferos, 115 especies de aves y más de 2200 especies de plantas en todo el país.