Más del 90% de la tierra en Yibuti es desierto. En el monte Goda, cerca de Tadjoura, hay algunos árboles gigantes de enebro, acacias y olivos silvestres. Sin embargo, la mayor parte de la vegetación es semidesértica, consiste en matorrales de espinas y palmeras.

En sus reservas de animales, Yibuti tiene antílopes, gacelas, hienas y chacales.