La red fluvial de Alemania pertenece mayoritariamente a dos cuencas; la del Mar del Norte, donde desaguan el Rin, el Ems, el Weser y el Elba; la del mar Báltico, donde destaca el Oder; y la del mar Negro, con el Danubio y sus afluentes.

El Rin nace en los Alpes, atraviesa el lago de Constanza y penetra en la Alemania herciniana. Recibe las aguas del Neckar, del Main y, por Coblenza, las del Mosela procedente de Francia. En Colonia el caudal del río es de 1.120 m3/s en época baja y hasta 10.000 m3/s en crecida. Tras recibir las aguas del Ruhr, entra en los Países Bajos.

El Ems, nacido en el Teutoburger Wald, tiene un curso de 371 kilómetros y desagua en Mar del Norte. El Weser se forma en Münden por la confluencia del Werra y del Fulda. Tras atravesar las montañas del Weser por la puerta de Westfalia, entra en la llanura septentrional y recibe, cerca de Bremen, las aguas del Aller, hasta que desagua en el mar del Norte.

El Elba, de 1.165 kilómetros de longitud, nace en Bohemia, recibe las aportaciones del Mulde, el Saale y el Havel y su estuario abriga el mar del Norte. Conecta con una extensa red de canales navegables, entre los que destaca por su tráfico el del Elba-Havel.

El Oder desde que recibe las aguas del Neisse, su principal afluente por la izquierda, marca la frontera entre Alemania y Polonia hasta poco antes de desembocar en el mar Báltico. Se comunica con el Elba mediante canales navegables.

El Danubio, de un trayecto total de 2.860 kilómetros, recorre 647 kilómetros por Alemania: nace en la Selva Negra, bordea el Jura de Suabia y el Jura de Franconia, recibe una serie de afluentes (Iller, Lech, Isar, Inn ) y penetra en Austria por Passau.