Las montañas suizas son el principal nudo de racimo de aguas de Europa; así, los ríos suizos pertenecen a cuatro cuencas, las más importantes de las cuales son la del Rin y la del Ródano, ríos que nacen en el San Gotardo y que recogen más de la tercera parte de las aguas suizas a través de numerosos afluentes.

El Rin drena unas 2/3 partes y recibe, entre otros, al Aare, el río más importante que drena el Mittelland. Van a parar al Ródano las aguas del Valais y una parte del Jura. Las otras dos cuencas son la del Danubio, al que envía el agua a la Suiza oriental a través del Inn (Engiadina), y la del Po, que recibe las aguas del Ticino.

Los lagos tienen una gran importancia: ocupan antiguas cubetas glaciares en la zona de los Prealpes o al pie del Jura y son muy numerosos (Lemán, Neuchâtel, Thun, Cuatro Cantones, Zúrich, etc).