La existencia de Ferrara no está documentada hasta el siglo VIII, formaba parte de los Estados Pontificios. Infeudada por los papas en los marqueses de Canossa (988), consiguió la independencia comunal a principios del siglo XII.

En 1184 el linaje Este se convirtió en el dirigente de los güelfos, y Azzo VII de Este fue nombrado «podestà» (primer magistrado) en 1240.

La conquista de Módena (1288) provocó la lucha con las ciudades vecinas, y Ferrara fue ocupada por Robert de Anjou; pero los Este pudieron recuperar pronto el dominio de la ciudad (1317), y a continuación llevaron a cabo una política de equilibrio en sus relaciones con los demás estados italianos.

En 1437 el papa Eugenio IV trasladó el concilio de Basilea, traspasado posteriormente (1439) a Florencia (concilio de Florencia).

Hércules de Este (1471-1505) fue un gran mecenas del Renacimiento, pero la prosperidad de Ferrara se acabó con Alfonso II (1559-97). A su muerte, Clemente VIII recuperó la autoridad pontificia sobre el ducado, que fue administrado por legados pontificios (1598-1796).

En 1769 fueron a parar muchos de los jesuitas de la antigua corona catalanoaragonesa expulsados de España por Carlos III, y desarrollaron un importante núcleo cultural (jesuita).

Ocupada la ciudad por los franceses, fue incorporada a la República Cisalpina. En 1831 y 1848 se produjeron dos revueltas a favor del Risorgimento. En 1860, por medio de un plebiscito, se incorporó al nuevo Reino de Italia.

La catedral, de estilo lombardo, fue comenzada en románico por Viligelm (1135), y fue terminada en gótico (siglo XIII). Entre los edificios civiles destacan el Palazzo Comunale (1343), con una escalera del siglo XV, el palacio de los Este (siglo XIV-XVI), de Bartolino da Novara, de planta cuadrangular, el Palazzo Schifanoia (1535), el Palazzo dei Diamanti (1492), con fachada de sillares cortados en diamante, y el palacio de Ludovico Sforza (1504).