Giovanni da Verrazzano fue el descubridor de la bahía de Nueva York. Henry Hudson exploró el río en 1609, y en 1613 el holandés Adriaen Block fundó un establecimiento en la isla de Manhattan.

En 1626 el gobernador Peter Minuit compró Manhattan a los indios y fundó Fort Amsterdam, que pronto se llamó Nueva Amsterdam. En 1640 llegaron emigrantes ingleses y suecos, pero la preeminencia en la zona correspondía a los holandeses. Sin embargo, en 1664 una expedición inglesa ocupó la ciudad.

Aunque al principio Nueva York vivía sobre todo de la agricultura, el comercio impulsó más su crecimiento en el siglo XVIII, y se convirtió en uno de los principales puertos norteamericanos en el Atlántico. Durante la guerra de Independencia participó activamente en la lucha, aunque fue ocupada por las tropas inglesas entre 1776 y 1783.

Fue la capital de la Federación (1785-90) y del estado hasta 1797. A finales del siglo XVIII tenía unos 35.000 habitantes, en pleno auge económico, gracias a las obras portuarias ya los progresos de la navegación.

La producción industrial, agrícola, ganadera y minera de las comarcas del interior encontró la salida por el puerto de Nueva York, lo que, además, convirtió a la ciudad en un gran centro financiero (negocios, seguros, bolsa, etc.). El sur de Manhattan, Wall Street, se convirtió en la zona comercial y financiera, mientras que en el norte se establecieron las familias ricas.

La construcción del ferrocarril contribuyó mucho a su expansión. La crisis de 1857 y la guerra de Secesión detuvieron el crecimiento, e incluso hubo un fallido intento separatista; pero, al finalizar el conflicto, Nueva York superó definitivamente a los otros puertos atlánticos, como Boston y Nueva Orleans.

Mientras, el centro comercial se fue desplazando hacia el centro de Manhattan y se desarrollaron varios barrios de emigrantes negros, latinoamericanos y europeos. Un proyecto de unión entre Nueva York y las ciudades vecinas (Brooklyn, Queens, Staten Island, etc.), de 1880, iniciado en 1874, no culminó hasta 1895, y en 1898 fue construido el gran Nueva York, dividido en cinco distritos o municipios: Manhattan, Queens, Brooklyn, Richmond y Bronx.

La industrialización de la punta occidental de Long Island se extendió también hacia las zonas costeras alrededor de la ciudad de barrios industriales, que alternan con otros residenciales.

Durante las dos guerras mundiales, Nueva York fue el puerto principal del Atlántico para el embarque de tropas y material bélico. En 1963 obtuvo una carta municipal que le otorgaba una cierta autonomía, pero las enormes complejidades urbanísticas, sociales y políticas de una población de unos ocho millones de habitantes llevaron las finanzas municipales a quebrar en 1975. El once de septiembre de 2001, un atentado terrorista perpetrado mediante la colisión de dos aviones contra los dos rascacielos llamados Torres Gemelas (dos de los edificios más altos del mundo, de más de 400 metros de altura) provocó más de tres mil muertos y la destrucción completa del conjunto urbanístico del World Trade Center, donde estaban situados.