Alrededor del 99% de la población se adhiere a la práctica del Islam, que se menciona en la Constitución como la religión del estado. Excepto por una pequeña minoría de Kharijites (Ibadhis) la mayoría de los musulmanes son adherentes al rito Maliki de la secta sunita, con algunos adherentes Hanafi.

La ley prohíbe reunirse con el propósito de practicar cualquier otra fe que no sea el Islam. Sin embargo, hay iglesias católicas romanas que realizan servicios sin interferencia del gobierno. Los no musulmanes usualmente se congregan en casas privadas para los servicios de adoración. La proselitización de las religiones no musulmanas y la importación de materiales religiosos no musulmanes están legalmente prohibidos. En la práctica, sin embargo, el gobierno no interfiere activamente en las conversiones religiosas. Los extranjeros que practican creencias no musulmanas generalmente muestran un mayor grado de tolerancia social que los ciudadanos no musulmanes.

El número de residentes no musulmanes se ha estimado en menos de 5000. Muchos no musulmanes han huido del país debido a la guerra civil y los actos de terrorismo de los extremistas islámicos. El número de cristianos y judíos es, por lo tanto, significativamente más bajo que a principios de 1990. Los grupos no musulmanes más grandes son los metodistas y los evangelistas, seguidos por los católicos romanos y los adventistas del séptimo día.