Introducido por los españoles con la conquista en 1540, el catolicismo romano es, con mucho, la religión dominante. De hecho, la Iglesia Católica Romana es considerada como uno de los tres pilares de la sociedad, junto con el gobierno y los militares.

Según las estimaciones de principios del siglo XXI más del 95% de la población se identificó como católicos romanos. Algunos individuos combinan las costumbres y creencias de las religiones indígenas tradicionales con su práctica del catolicismo. Los protestantes, incluidos los anglicanos, bautistas y metodistas, representan aproximadamente el 2% de la población. Otras denominaciones incluyen luteranos, testigos de Jehová, mormones, episcopales, presbiterianos, ortodoxos orientales y rosacruces. Budistas, bahá’ís, hindúes, judíos, musulmanes, cienciólogos y la Iglesia de la Unificación tienen pequeñas comunidades. Las religiones animistas sobreviven entre los amerindios del oriente. Itzachilatan es una iglesia amerindia. Algunos nativos son seguidores de Inti, el dios del sol inca. La libertad de culto está garantizada por la constitución y este derecho generalmente se respeta en la práctica.