Según un censo de principios del siglo XXI el mayor grupo denominacional en el país era la Iglesia Católica Romana, que representa alrededor del 58% de la población. También hay una antigua iglesia católica eslovena y algunos ortodoxos orientales que constituyen aproximadamente el 2% de la población. Aunque el calvinismo desempeñó un papel importante durante la Reforma, el único grupo protestante bien establecido es la Iglesia Evangélica Luterana de Eslovenia, que cuenta con aproximadamente 15.000 miembros. Los musulmanes constituyen alrededor del 2,5% de la población. El censo reportó solo 100 judíos. Cerca de 200.000 personas respondieron ser ateos. La libertad de religión está garantizada en la constitución.