La mayor parte de la población (alrededor del 81%) pertenece a la Iglesia Católica Romana. Otras iglesias cristianas representan alrededor del 11% de la población e incluyen denominaciones tales como Adventista del Séptimo Día, Metodista Unido, Iglesia Unida de Cristo, Asambleas de Dios, la Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días y Bautista de Filipinas. Los musulmanes representan alrededor del 5% de la población y comúnmente son llamados moros por los no musulmanes. Se concentran en Mindanao y en Sulus. La mayoría de los musulmanes son sunitas. Los budistas representan menos del 1% de la población. También hay pequeñas comunidades de hindúes y judíos. Se cree que la mayoría de la población indígena incluye elementos de las religiones nativas dentro de su práctica de otras religiones.

La libertad de religión y la separación de la iglesia y el estado está garantizada por la constitución.