El islam es seguido por alrededor del 99% de los comorenses, casi todos los cuales son musulmanes sunitas. Aproximadamente el 1% de la población, son cristianos, todos los cuales, según se informa, se convirtieron al cristianismo en la última mitad de la década de 1990. Pequeños grupos de extranjeros son hindúes o cristianos.

Tras un golpe militar en 1999, la constitución de mayo de 2000 no permitía la libertad de religión. La constitución de diciembre de 2001 prevé esta libertad, sin embargo, también hace del Islam la religión del estado y el gobierno tiende a desalentar la práctica de otras religiones. La práctica del cristianismo es particularmente restringida. Hay dos iglesias católicas romanas y una iglesia protestante.