Los uzbekos étnicos son principalmente adherentes de la secta Hanafi del Islam sunita, pero la secta Wahhabi también ha florecido en los últimos años. Los musulmanes representan alrededor del 88% de la población. Los cristianos ortodoxos del este representan alrededor del 9%.

A principios del siglo XXI, Uzbekistán tenía una importante población judía de aproximadamente 20.000 judíos Ashkenazi y Bukharan, principalmente en las ciudades de Tashkent, Bukhoro y Samarqand. Casi 80.000 judíos han emigrado a Israel o a los Estados Unidos desde la independencia. Las religiones minoritarias que figuran como «otras» incluyen pequeñas comunidades de cristianos coreanos, bautistas, católicos romanos, luteranos, adventistas del séptimo día, cristianos evangélicos y pentecostales, budistas, bahá’ís y Hare Krishnas.

La libertad de religión está garantizada por la constitución de 1992 y existe una disposición específica que prohíbe el establecimiento de cualquier religión estatal. Sin embargo, el gobierno ha puesto algunas restricciones a la libertad religiosa.