Más del 99% de la población practica el Islam, que es la religión del estado. Sin embargo, la Constitución establece la libertad de religión y no existe una discriminación generalizada contra otras religiones. Un pequeño número de yibutianos son católicos romanos, protestantes o están afiliados a la Fe Bahá’í.

La Navidad es la única festividad no musulmana oficialmente reconocida. Los grupos religiosos deben registrarse en el Ministerio del Interior.