Nacido en una aldea remota, Ortega fue criado por sus padres activistas.

José Daniel Ortega Saavedra nació el 11 de noviembre de 1945 en La Libertad, Nicaragua. Su padre, Daniel Ortega Cerda, y su madre, Lidia Saavedra, fueron activistas políticos que protestaron contra el gobierno.

Debido a su oposición política al dictador gobernante, Anastasio Somoza, la madre de Daniel fue encarcelada. Daniel tenía dos hermanos, Humberto y Camilo.

Fue arrestado a la edad de 15 años por unirse a una organización de protesta política. Mientras estaba en prisión, se unió al «Frente Sandinista de Liberación Nacional».

En 1967, Ortega fue arrestado y condenado por robo a mano armada después de haber participado en un atraco en una sucursal del «Bank of America». Fue gravemente torturado por oficiales mientras estaba en prisión.