Francisco Flores Pérez fue un político salvadoreño que fue presidente de El Salvador desde 1999 hasta 2004.

Francisco Flores Pérez nació el 17 de octubre de 1959 en Santa Ana, El Salvador, hijo de Ulises Flores y María Leonor Pérez Flores. Tiene dos hermanos.

Al completar su educación primaria, se matriculó en la Escuela Americana en San Salvador, donde se graduó. Luego asistió al Hillyer College, en la Universidad de Hartford, para obtener un título en sociología.

Posteriormente, estudió en el Amherst College, en Massachusetts, Estados Unidos y se especializó en ciencias políticas. Luego de esto, se mudó a Inglaterra para seguir un programa de Historia y Literatura en el Trinity College de la Universidad de Oxford.
Al regresar a Estados Unidos, obtuvo su maestría en filosofía en la World University, California. Además, estudió Economía y Filosofía en la Universidad de Harvard en Cambridge, Massachusetts.