José Napoleón Duarte nació el 23 de noviembre de 1925 en Santa Ana, El Salvador. Su padre era José Jesús Duarte, un sastre, y el nombre de su madre era Amelia. Su padre y su madre no estaban formalmente casados ​​y tenían otros hijos además de él.

Su padre tenía aspiraciones políticas, pero no tuvo éxito en sus intentos de meterse en la política. De hecho, las ambiciones políticas de su padre lo llevaron a la bancarrota e incluso lo llevaron a su arresto.

Estudió en el Liceo Salvadoreño y en su último año de escuela secundaria (1944), participó en las protestas estudiantiles contra el entonces Presidente General Maximiliano Hernández Martínez. Al año siguiente, cruzó la frontera hacia Guatemala para unirse a la oposición en el exilio. Sus actividades políticas preocuparon a sus padres que temían por su seguridad.

Sus padres decidieron enviarlo a los Estados Unidos para estudiar. Fue enviado a la Universidad de Notre Dame en Indiana para estudiar ingeniería civil. Como estudiante, desarrolló un enfoque político liberal y su estadía en los Estados Unidos ayudó a refinar sus pensamientos sociopolíticos.

Trabajó duro durante sus años universitarios, lavando platos y lavando ropa. Se graduó en 1948 y regresó a San Salvador.