Kirsten Caroline Dunst nació el 30 de abril de 1982 en Point Pleasant, Nueva Jersey (Estados Unidos), sus padres son Inez Dunst y Klaus Hermann Dunst. Su madre fue propietaria de una galería y también trabajó como asistente de vuelo. Su padre es un ejecutivo de servicios médicos.
La actriz es de ascendencia alemana y sueca y también tiene la ciudadanía alemana. Tiene un hermano menor, Christian Dunst, que nació en 1987.
Kirsten Dunst fue contratada como modelo infantil a la edad de tres años. Firmó un contrato con las agencias de modelos Ford y Elite.
En 1990, interpretó el papel de una hija en «La hoguera de las vanidades». Esta comedia-drama se basó en la novela de Tom Wolfe. En 1993, Dunst apareció como invitada en la serie de ciencia ficción ‘Star Trek: The Next Generation’ en el episodio titulado ‘Dark Page’.
Dunst vivió en Nueva Jersey hasta la edad de 11 años. Durante ese tiempo, asistió a la Escuela Ranney. En 1993, sus padres se separaron y ella se mudó con su madre y su hermano a Los Ángeles, California. Luego estudió en Laurel Hall School y Notre Dame High School respectivamente.
El gran avance de la actriz llegó en 1994 cuando interpretó al personaje de «Claudia» en «Entrevista con el vampiro».
El año siguiente, Dunst apareció en la película de aventuras fantásticas titulada «Jumanji», que se basó en un juego de mesa sobrenatural.
Prestó su voz en la película de animación «Anastasia» en 1997. Durante ese año, también apareció en la película «Wag the Dog», protagonizada por Dustin Hoffman y Robert De Niro.