Emanuel David Ginóbili nació el 28 de julio de 1977, en Bahía Blanca, Argentina. Hijo de Raquel y Jorge Ginóbili. Su padre era el gerente de un club de baloncesto local llamado Bahiense del Norte.
Sus hermanos mayores Leandro y Sebastián jugaron baloncesto profesional. Mientras que Leandro jugó en la liga de baloncesto argentina, Sebastián jugó para clubes profesionales en España.
Ginóbili acompañaba a menudo a su padre y hermanos a partidos y sesiones de práctica. Comenzó a ver la NBA e idolatró a Michael Jordan. Fue entrenado por Oscar Sánchez y Fabiam Horvath en el Bahiense del Norte.
Pasó su infancia jugando al baloncesto con su mejor amigo Pepe Sanchez, quien jugó para el equipo nacional junior de Argentina durante su adolescencia. Ginóbili hizo su debut profesional a la edad de 18 años en el Andino Sport Club de la liga argentina de baloncesto.