Matthijs de Ligt nació el 12 de agosto de 1999 en Leiderdorp, Holanda. Justo después de su nacimiento, la familia se mudó a Abcoude. A los cinco años comenzó a jugar al tenis. Fue introducido al fútbol por sus amigos. Inmediatamente fascinado por este deporte, perfeccionó sus habilidades y pronto encontró un lugar en el FC Abcoude.

Comenzando a la edad de seis años, Matthijs jugó por primera vez en el FC Abcoude durante 3 años. A la edad de nueve años, se convirtió en un jugador juvenil para el AFC Ajax, jugando en el segundo equipo de los U11. Durante los primeros años de su carrera, Matthijs jugó como mediocampista. El talento de Matthijs pronto apreciado por su entrenador, quien lo convirtió en un defensa central.