Rafael Callejas nació el 14 de noviembre de 1943, en Tegucigalpa, en una familia de terratenientes.

Recibió su educación primaria de la Escuela Americana en Tegucigalpa, y más tarde completó la escuela secundaria en el Instituto de San Francisco.

En 1965, obtuvo su licenciatura en ciencias y más tarde obtuvo una maestría en ciencias. Se licenció en economía agrícola en la Universidad Estatal de Mississippi, Estados Unidos.

En 1967, asistió al Instituto de Estudios Sociales en La Haya, Holanda, donde estudió desarrollo agrícola.

En 1967, Rafael Callejas fue nombrado miembro del Consejo Superior de Planificación Económica, donde trabajó hasta 1971. En 1968, fue nombrado evaluador principal en la Oficina de Planificación Agrícola.