Sergio Agüero nació en Buenos Aires, Argentina, el 2 de junio de 1988. Fue el segundo hijo nacido de sus padres. Su padre, Leonel, era taxista y su madre, Adriana, era ama de casa. Sergio se crió en una gran familia, con seis hermanos.
Sus padres eran adolescentes cuando lo concebieron y también eran financieramente débiles. Esto llevó a muchas dificultades cuando su madre estaba embarazada de él. Las situaciones no cambiaron mucho después de que él nació, y la familia luchó por sobrevivir. La familia se mudó a Florencio Varela cuando Sergio tenía 2 años.
El padre de Sergio jugó al fútbol en su juventud. Su pasión por el juego se mantuvo intacta e influyó en Sergio. Pronto, Leonel se hizo cargo de entrenar a su hijo, ya que no podía darse el lujo de inscribir a su hijo en una academia de fútbol, debido a dificultades financieras.