El hipopótamo pigmeo tiene un cuerpo largo en forma de barril que está cubierto de piel color gris pizarra, que se aclara hacia la parte inferior.

La cabeza del hipopótamo pigmeo es pequeña en relación con el tamaño de su cuerpo y, junto con su boca más estrecha, esto le facilita correr a través del bosque a gran velocidad.

Debido al hecho de que el hipopótamo pigmeo ha evolucionado a ser más terrestre que el hipopótamo común más grande, tienen una serie de adaptaciones que los ayudan cuando están en el denso bosque. Aunque el hipopótamo pigmeo todavía es semi-acuático y entrará en el agua, tienen menos dedos palmeados que sus primos para ayudarlos a moverse más efectivamente en tierra.

Sus ojos se encuentran en los lados de su cabeza en lugar de en la parte superior que de nuevo les ayuda a ver más a su alrededor cuando están entre los árboles. El hipopótamo pigmeo también tiene largos caninos llamados colmillos y, aunque no son tan impresionantes como los que se encuentran en la boca del hipopótamo común, todavía se utilizan para intimidar a los rivales e intrusos.

A diferencia del hipopótamo común más grande y más sociable, el hipopótamo pigmeo no vive en manadas y, de hecho, es en gran parte solitario. Al pasar los días calurosos descansando en el barro fresco o en la madriguera de otro animal (pasa relativamente poco tiempo en el agua y tiende a utilizarla más como refugio si se siente amenazado).

El hipopótamo pigmeo es nocturno y se alimenta en el bosque por la noche con una gran variedad de materia vegetal y frutos caídos. Al igual que su primo mayor, el hipopótamo pigmeo sigue caminos bien transitados y marcados entre sus áreas de alimentación y descanso y puede atravesar estos caminos a un ritmo notable si se siente en peligro.