Alrededor del 99% de la población es africana. Los grupos étnicos más grandes son los balantes (aproximadamente el 30% de la población), que viven principalmente en la región central; el Fulani (20%), en el norte; el Manjaca (14%); el Mandinga (13%); y el Pepel (7%), en las zonas costeras. El 1% restante de la población es principalmente europeo o mulato.

De los pueblos no indígenas, la comunidad mulata caboverdiana, que se originó en las islas de Cabo Verde, es el grupo más grande, y representa aproximadamente el 2% de la población total de Guinea-Bissau. El resentimiento por la influencia política y comercial desproporcionada de este grupo jugó un papel en el golpe de 1980. También hay una pequeña comunidad extranjera, compuesta principalmente por portugueses y por comerciantes libaneses y sirios.