Según las últimas estimaciones, alrededor del 66% de la población total es kirguisa, el 11% son rusos, el 14% son uzbekos, el 1% son dungan (musulmanes de etnia china), el 1% son uigures y el otro 6% es de otros grupos étnicos. Alrededor de 420.000 kirguisos étnicos residen en otros lugares de la antigua Unión Soviética y 170.000 en China. Los kirguisos hablan un idioma turco y la mayoría son musulmanes sunitas.

Según algunos informes, el 10% o más de los rusos abandonaron Kirguistán durante 1991 debido a las tensiones étnicas. Los alemanes étnicos, deportados a Kirguistán por Stalin durante la Segunda Guerra Mundial, también están abandonando Kirguistán.