Rafael Márquez Álvarez ganó dos UEFA Champions League.

Fue campeón de la UEFA Champions League de la temporada 2005-2006 con el FC Barcelona. La final la disputaron el FC Barcelona y el Arsenal FC en el Stade de France de París, Francia.

Fue campeón de la UEFA Champions League de la temporada 2008-2009 con el FC Barcelona. La final la disputaron el FC Barcelona y el Manchester United en el Estadio Olímpico de Roma, Italia.