El futbolista Rafa Márquez jugó 6 temporadas con el Atlas F. C. (México), desde la temporada 1996–97 hasta la temporada 1998–99, y años más tarde volvió a jugar en el Atlas desde el Torneo Clausura 2016 hasta el Torneo Clausura 2018. Jugó 133 partidos oficiales, marcando 7 goles y dando 7 asistencias de gol.

Márquez comenzó su carrera en el club mexicano Atlas, donde debutó en 1996 con tan solo 17 años de edad.