El Departamento de Francisco Morazán (Honduras) está dividido en 28 municipios.

Los municipios del Departamento de Francisco Morazán son La Libertad, Distrito Central, San Miguelito, Marale, Alubarén, El Porvenir, La Venta, San Ignacio, Nueva Armenia, Orica, Sabanagrande, Vallecillo, Reitoca, Cedros, Curarén, Guaimaca, Maraita, Talanga, San Buenaventura, Cantarranas, Santa Ana, Santa Lucía, Ojojona, Valle de Ángeles, Lepaterique, Villa de San Francisco, Tatumbla y San Antonio de Oriente.