El agua purificada puede provenir de cualquier fuente, mientras que el agua de manantial proviene de una fuente subterránea.

El agua purificada pasa por estrictos procesos de tratamiento para la eliminación de patógenos y otras sustancias no deseadas. Por otro lado, el agua de manantial a veces puede ser segura para beber, incluso sin un proceso de tratamiento, ya que se filtra naturalmente a través de capas de piedras/rocas.

En comparación con el agua purificada, la calidad del agua de manantial en lo que respecta a la desinfección a menudo puede ser menor, ya que no pasa por estrictos procedimientos de tratamiento.

En comparación con el agua purificada, el agua de manantial contiene más minerales, ya que pasa por un proceso de filtración natural subterránea. Algunas de las sustancias disueltas que se pueden encontrar en el agua de manantial son compuestos de azufre, sales, calcio y magnesio.

El agua de manantial tiene un sabor «más dulce», ya que tiene significativamente más minerales que el agua purificada.

En comparación con el agua purificada, el agua de manantial tiene más alcalinas, ya que su nivel de pH está más cerca del rango neutral.

Muchos defienden que, aunque tanto el agua purificada como el agua de manantial quitan la sed, esta última se absorbe mejor. El agua dulce contiene niveles naturales de minerales que favorecen la absorción intestinal. Por lo tanto, el agua de manantial se transporta fácilmente hacia el torrente sanguíneo.

El agua de manantial a menudo es más cara, ya que es más difícil de acceder en comparación con el agua purificada.

Debido a su proceso de tratamiento, el agua purificada puede contener más químicos como el cloro.

El agua purificada también se utiliza en procesos farmacéuticos, industriales, cosméticos y otros procesos relacionados. Por otro lado, el agua de manantial también puede usarse para diversas necesidades domésticas, generación de electricidad y riego.