La diferencia clave entre el amoníaco y el amonio es que el amoníaco es una molécula polar sin carga que existe como un gas a temperatura ambiente, mientras que los iones de amonio están cargados y existen como iones libres en solución o como compuestos de sales cristalizadas.

El amoníaco es un compuesto de nitrógeno e hidrógeno con la fórmula NH3. No tiene carga, y una molécula por sí misma, existe como un gas a temperatura ambiente y presión atmosférica, y como un líquido a muy bajas temperaturas y altas presiones. A esta forma pura de amoníaco la llamamos amoníaco anhidro (sin agua). El gas amoníaco es incoloro y tiene un olor intenso e irritante. Además, es tóxico.

El amoníaco, como el agua, es polar debido a su distribución desigual de electrones. Esta polaridad lo hace soluble en agua. Un punto importante a tener en cuenta es que el amoníaco soluble o acuoso está en forma de hidróxido de amonio, que se disocia aún más para formar iones de amonio e iones de hidróxido. Esta disociación depende de la temperatura y el pH de la solución (la disociación aumenta con el aumento de la temperatura y la disminución del pH).

El catión de amonio es un ion poliatómico cargado positivamente con la fórmula química NH4+. Este es un ion que podría existir como iones libres en soluciones, o como un compuesto de sal iónica que forma una estructura reticular con un anión; por ejemplo, el cloruro de amonio.

Por lo tanto, generalmente no usamos el término amonio como una palabra en sí misma, siempre precede a las palabras «ion», «sal» o el respectivo ion con carga negativa. Por ejemplo, tiene que ser ion de amonio, hidróxido de amonio, nitrato de amonio, sulfato de amonio, etc., y no simplemente amonio.

Cuando se considera la toxicidad, el amoníaco es tóxico, pero los iones de amonio libres por sí mismos no son tóxicos. Sin embargo, los compuestos de amonio pueden ser tóxicos.

En resumen, el amonio es el catión principal que se origina en el amoníaco.