E. coli es una bacteria coliforme que pertenece al género Escherichia.

P. aeruginosa es una bacteria no coliforme que pertenece al género Pseudomonas.

E. coli es parte de la flora intestinal normal, mientras que P. aeruginosa es parte de la flora normal de la piel.

Además, una diferencia adicional entre E. coli y Pseudomonas aeruginosa es que E. coli tiene flagelos peritricosos mientras que Pseudomonas aeruginosa tiene un solo flagelo.