Una de las principales diferencias entre el tofu y el paneer es su procedencia. Se dice que el tofu se originó en China hace unos 2000 años, mientras que el paneer se originó en el subcontinente indio.

El tofu tiene mas beneficios para la salud que el paneer ya que el tofu es más bajo en calorías y proteínas.

El paneer se produce con leche de cabra o vaca, mientras que el tofu se produce con soja a pesar de que se produce a partir de la leche coagulada. Esto explica por qué a veces se hace referencia al tofu como cuajada de habichuelas o cuajada de soja.

El contenido de grasa entre el tofu y el paneer es significativo ya que el paneer tiene mucha grasa y el tofu tiene muy poca.

Los aspectos físicos del paneer y el tofu tienden a variar, lo que hace posible que las personas puedan distinguir entre los dos productos con facilidad. El tofu tiene un sabor amargo, una textura gruesa y partículas ligeramente sólidas, especialmente la que se extrae de la soja. Por otro lado el paneer tiene un sabor agrio y una textura fina.