La electroforesis es una técnica que se usa para separar biomoléculas en función de la carga, el tamaño y la forma de las partículas. La migración de la molécula, conocida como movilidad electroforética, depende del tipo de polímero/gel utilizado, del tamaño de poro, del voltaje proporcionado, del tiempo de funcionamiento y de la relación superficie/volumen. Existen diferentes tipos de técnicas de electroforesis basadas en el tipo de biomolécula utilizada.

La diferencia clave entre la electroforesis capilar y la electroforesis en gel es que la electroforesis en gel se realiza en un plano vertical u horizontal utilizando un gel de polímero de tamaño de poro estándar, mientras que la electroforesis capilar se realiza en un tubo capilar con un polímero líquido o un gel.

Una vez completada la técnica de electroforesis, las biomoléculas se procesan adicionalmente para obtener información de mayor nivel mediante hibridación o mediante técnicas como la huella digital.