Los términos encubierto y clandestino a menudo se usan juntos en el mismo contexto y como sinónimos. Sin embargo, debe tenerse en cuenta que si bien los términos son similares, en realidad no significan lo mismo. Hay una ligera diferencia entre los dos términos.

Encubierto se refiere a algo que no se reconoce o muestra abiertamente, mientras que clandestino se refiere a algo que se mantiene en secreto o se hace en secreto. En términos de encubierto, lo que se refiere no tiene por qué ser algo secreto, podría ser algo que la mayoría de las personas o al menos algunas personas ya conocen, sin embargo, el tema generalmente no se discute abiertamente, ya que es secreto.

Clandestino, por otro lado, se refiere a algo que es secreto y que debe ocultarse, muy pocas personas, aparte de las directamente involucradas en el acto, lo saben.

Además, las cosas que son clandestinas suelen ser secretas porque no suelen ser moralmente correctas. Mientras que, encubierto no tiene esta implicación moral.