La homología es una declaración sobre la ascendencia evolutiva común de dos secuencias, mientras que la similitud es el grado de similitud entre dos secuencias.
La homología no se puede calcular, ya que podría ser verdadera o falsa y generalmente depende de la hipótesis.
La similitud se puede calcular fácilmente como un porcentaje de residuos similares en una longitud dada de la alineación.