La inmunofluorescencia puede ser directa o indirecta dependiendo de la conjugación de fluoróforo con los anticuerpos utilizados.

En la inmunofluorescencia directa, los fluoróforos se conjugan con el anticuerpo primario, que es el único anticuerpo que interviene en esta técnica.

En la inmunofluorescencia indirecta, los fluoróforos se conjugan con el anticuerpo secundario, que es uno de los dos tipos de anticuerpos que intervienen en la técnica.

Por lo tanto, la principal diferencia entre la inmunofluorescencia directa e indirecta es el tipo de anticuerpo que se conjuga con el fluoróforo.