La inmunosupresión es la disminución o anulación de la respuesta inmunitaria, mientras que la inmunodeficiencia es la incapacidad del sistema inmunitario para luchar contra las enfermedades.

La inmunosupresión se induce deliberadamente o es natural, mientras que la inmunodeficiencia puede deberse a trastornos congénitos o adquiridos.

Otra diferencia importante entre la inmunosupresión y la inmunodeficiencia es que la inmunosupresión crea efectos beneficiosos y adversos, mientras que la inmunodeficiencia siempre crea efectos adversos.