Un microscopio compuesto utiliza varias lentes objetivas con diferentes intensidades para ver las muestras. Utiliza una luz que brilla debajo de la muestra, lo que requiere que la muestra sea lo suficientemente delgada como para que la luz pase a través de ella. La preparación de la muestra implica la tinción, para facilitar la visualización de distintas secciones de la muestra. Tiene un aumento de 400X a aproximadamente 1,000X y, por lo tanto, muestra características detalladas de las muestras. Tiene una distancia de trabajo más corta de hasta 4 mm.

Por otro lado, un microscopio de disección (también microscopio estéreo) tiene una distancia de trabajo más larga de hasta 150 mm y un aumento menor. Se proyecta un haz de luz desde arriba de la muestra. Se usa comúnmente para ver especímenes más grandes e incluso realizar disecciones de especímenes pequeños como insectos.

Estas dos categorías de microscopios difieren en términos de su aumento, su uso, espacio de trabajo, así como el tipo y número de lentes que usa cada uno de ellos.

Cada uno de estos microscopios es adecuado para un uso específico, de ahí su diseño distintivo. Un microscopio compuesto se usa principalmente para ver objetos pequeños y delgados, como las células. Un microscopio de disección, por otro lado, tiene un gran espacio de trabajo utilizado para ver muestras grandes como granos de polen. Tienen una única lente objetivo con un aumento designado.