El motivo es una disposición de estructuras secundarias de la molécula de proteína. No suele ser estable por sí mismo, a diferencia de un dominio.

El dominio es la unidad funcional de una proteína.

El motivo es una estructura secundaria, mientras que el dominio es responsable de la estructura terciaria de la proteína.

A diferencia del motivo, el dominio es una unidad independiente. El motivo puede ser parte del dominio. Pero el dominio no puede ser parte de un motivo.