La filogenia se define como la historia de la evolución de un organismo particular o un grupo de organismos de la misma especie.

La ontogenia se define como todos los eventos que tuvieron lugar y ocurren durante la existencia de un organismo vivo específico.

La ontogenia es específica, ya que se basa en etapas de desarrollo que pueden investigarse en tiempo real.

Las filogenias desarrolladas son hipótesis que se basan principalmente en evidencia indirecta.

Se utilizan organismos vivos para estudiar la ontogenia, en cambio se utilizan registros fósiles para determinar la filogenia.