Los ninjas fueron reclutados en su mayoría de clases más bajas, mientras que los samurais fueron reclutados de clases de élite.

Los samurais lucharon en el lado de los emperadores. Los ninjas, por otro lado, servían a cualquiera que les pagara algo de dinero.

Se entiende que los guerreros samurai están vestidos con equipo de guerra completo o kimonos. Se dice que los ninjas se visten con ropa ajustada. De hecho, están completamente vestidos, y solo sus ojos se hacen visibles. Esta es la razón por la cual el equipo de guerra de los samurais es de muchos colores, mientras que el equipo de guerra de los ninjas es de color negro.

Es importante tener en cuenta que los guerreros samurai y ninja se guían por diferentes códigos de ética de guerra. Los guerreros samurai siguen la ética bushido de la guerra. Los guerreros ninja, por otro lado, siguen el código poco ortodoxo de la ética de la guerra.

Los samurais vivían abiertamente recibiendo honor de personas y líderes. Los ninjas, debido al estilo de vida mercenario, tuvieron que llevar una vida tranquila en el anonimato.

Los ninjas utilizaron cualquier método para lograr su objetivo, mientras que, para los samurais, su honor era supremo.

Los samurais solían luchar al aire libre. Los ninjas rara vez iban a combate abierto. El sigilo era su mejor arma.

Los samurais son de clases nobles. El honor de un samurai era su vida, y ha habido casos en los que se suicidaron al perder una batalla para no tener que servir a otro maestro.

Los ninjas eran mercenarios. Los mercenarios normalmente pertenecen a las clases más bajas de la antigua sociedad japonesa. Los ninjas no tienen una creencia tan rígida sobre el honor como los samurais.