La diferencia clave entre los saprófitos y los parásitos es que los organismos saprófitos obtienen nutrientes de la materia orgánica muerta y en descomposición, en cambio los organismos parásitos satisfacen sus necesidades nutricionales de otro organismo vivo.

Los saprófitos secretan enzimas y degradan la materia orgánica para absorber los nutrientes, mientras que los parásitos desarrollan haustorios para absorber los nutrientes del organismo huésped.

Los saprófitos muestran digestión extracelular, en cambio los parásitos muestran digestión intracelular.