Los ajolote se encontraron originalmente en los lagos Xochimilco y Chalco en el centro de México.
A partir de los tiempos de los aztecas, el lago Chalco ha sido drenado gradualmente para evitar inundaciones. Hoy en día, el lago Chalco ha desaparecido por completo, y con él una gran parte del hábitat del ajolote.
El lago Xochimilco ya no es un lago como tal, y en la actualidad solo existe como una serie de canales en la Ciudad de México.
El número de ajolotes que viven en la naturaleza puede ser menos de cien.