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La flora en Menorca refleja una clara afinidad mediterránea, más cercana a la de las islas tirrénicas que a la de la península Ibérica. El alzinar, con ciclamen balear, es el clímax principal, aunque ha sido reducido a pequeños remanentes debido a la acción humana. El uletrar (Prasio-Oleetum) se encuentra principalmente en áreas expuestas a la tramuntana y a la sal llevada por el viento. En lugar de los alcornocales degradados, actualmente se extienden arbustos, a menudo con un estrato arbóreo de pino carrasco, matorrales de brezo de invierno y romero en la parte calcárea de la isla, y brezos, escobones y estepas en la parte silícea. Solo en Menorca, dentro de las Islas Baleares, se encuentra una vegetación calcícola bien desarrollada.
La abundancia de lluvias invernales permite la existencia de pastizales de primavera, fundamentales para el sustento del ganado vacuno, junto con el forraje cultivado. La costa norte, muy expuesta al viento, está caracterizada por poblaciones muy especiales de plantas en cojín (almohadillas).
La fauna sigue la tipología mediterránea, con conejos, erizos, ratas, musarañas y lirones; es importante destacar la práctica extinción de los visones, exportados entre los siglos XVI y XVIII. Igualmente, se considera extinto al viejo marino o foca mediterránea. Las aves incluyen perdices, codornices, becadas, zorzales, tórtolas y tordos, además de halcones, milanos, yoros y especies migratorias como patos y estorninos. Los reptiles presentan la particularidad de las lagartijas (Lacerta lilfordi y Lacerta sicula Cettu), con siete subespecies.
En las aguas circundantes de Menorca, la biodiversidad marina es notable. Los fondos marinos albergan una variedad de especies, desde praderas de posidonia hasta bancos de peces diversos. La pesca, concentrada en los puertos de Maó, Ciutadella y Fornells, ha sido una actividad tradicional, destacándose la exportación de langostas como uno de los productos más destacados. Sin embargo, es esencial gestionar de manera sostenible esta riqueza marina para preservar el equilibrio ecológico y garantizar su continuidad en el tiempo. La conservación del entorno marino se ha convertido en una preocupación creciente, y diversas iniciativas buscan proteger la biodiversidad marina y promover prácticas pesqueras sostenibles en la región.