Aquí hay una lista completa de personajes de Mortal Kombat 3 y su expansión, Ultimate Mortal Kombat 3:

• Raiden
• Liu Kang
• Kung Lao
• Johnny Cage
• Sub-Zero
• Scorpion
• Sonya Blade
• Cyrax
• Jax
• Kano
• Shang Tsung
• Reptile
• Mileena
• Kitana
• Baraka
• Ermac
• Noob Saibot
• Sektor
• Smoke
• Cyrax (Human form)
• Shang Tsung (Shokan form)
• Sheeva
• Kintaro

En Ultimate Mortal Kombat 3, se agregaron tres personajes adicionales:

• Classic Sub-Zero
• Chameleon
• Khameleon

También se incluyeron algunos personajes secretos, como Human Smoke y Rain. Además, se incluyó una versión actualizada de la arena de Mortal Kombat 2 llamada The Pit III.